I francescani che dirigevano l'Ospedale di S. Francesco fondato fino dal 1414, avevano per la pietosa loro opera acquistata grande stima in città, e molti padovani concorsero con abbondanti oblazioni non solo al mantenimento dell'Ospedale e del convento, ma anche al miglioramento della Chiesa.

Con atto 3 gennaio 1492 una certa Navilia moglie ad un Francesco Zabarella donava a quella chiesa duecento ducati di oro per la costruzione dell'altare maggiore che e l'attuale coro. E nel 1494 lo stesso Francesco donava altrettanto, più 50 ducati all'anno per cinque anni; ed infatti sulla parete di detta cappella si vede anche oggi in alto a sinistra lo stemma della illustre famiglia Zabarella. Altri documenti parlano di numerosi grandi donativi e lasciti che qui sarebbe troppo lungo riportare.

La Chiesa e ricca di lavori di celebri artisti, come Pietro Liberi, Paolo Veronese, Bartolomeo Bellano, Andrea Briosco detto il Riccio, Padovanino ecc. In essa vi e la tomba di Carlo Ferdinando di Gonzaga ultimo Duca di Mantova il quale detronizzato nel 1707 riparo a Venezia dove si ammalo per gli stravizi e venuto a Padova per farsi curare mori nel 1708 in una casa in Via S. Eufemia.